اتاق محل دفن حضرت پیامبر(ص) مانند خانه کعبه مکعب شکل بود و امویان عقیده داشتند که مردمان نمی بایستی همچون کعبه برگرد قبر حضرت فرستاده طواف کنند؛ بدین منظور شکل دیوار خارجی با افزودن یک پیشامدگی سه گوشه در طرف شمال تغییر و تحول داده شد و به طور امروزی در آمد. اولین محراب را نیز بدین بعدازظهر نسبت میدهند و آن شغل گذاشتن سنگ مزینی در دیوار قبله بود.
می دانیم در زمان عباسیان یکسری تغییر جزئی اعمال شد اما بیشتر از این چیزی نمی دانیم اما در طی سلاطین عثمانی، مسجد تغییرات زیادتری پیدا کرد و به طور امروزی درآمد. آتش سوزی بزرگی که همگی مسجد به غیر از نوحه مبارکه را سوزاند یکیاز علل تولید این تغییرات بود.
در رمضان سال ۶۵۴ه.ق وقتی مردم مدینه – بر طبق تشریفاتی۔ شمع هایی را بر بالای مناره های مسجد برده بودند، شمعها قسمتی از مصالح چوبی بنا را سوزاند و آتش سوزی به کلیه مسجد سرایت کرد. سال بعد تعمیرات موقتا و در سال ۸۶۸ تعمیرات مهم بر روی مسجد آغاز شد که ساخت مناره ها به سبک ترکان عثمانی و ساخته شدن گنبدی به همین سبک از آثار این بعدازظهر است.
بهره:
به هر موقتی زمانی مسجد اول ای را که در مدینه به عنوان اولین مسجد با اسلوبی موافق با حیث گرامی رسوا خداوند(ص) شناختیم و دانستیم به چه کیفیتی ساخته و چه تغییراتی در آن داده شد، بهتر به مفاهیم معماری – ح صحیح و چه ناصحیح- قاضی بر معماری مساجد دیروز و امروز خود پی میبریم. در هر اینک مسجدالنبی به عنوان اولی مسجد، یک سرمشق بوده می باشد. آنگاه در هر ساختمان مسجدی که می ساختند از این نمونه به کارگیری میشد. حتی آن گاه که معماران و هنرمندان ملتهای مسلمان جرأت دخالت در خود دیدند و از اصول سازه های معماری خود در ساخت مساجد استفاده کردند، این بنا بالاجبار نقش خود را به عنوان یک نمونه نگهداری کرد.